El agente especial Dwayne Pride (Scott Bakula) se encuentra en libertad condicional tras sus peligrosos actos para detener al alcalde corrupto Douglas Hamilton. Mientras tanto, el equipo del NCIS es vigilado de cerca por la agente especial supervisora Paula Boyd. A lo largo de la temporada, el grupo enfrenta casos complejos que van desde amenazas nucleares y asesinos en serie hasta operativos rusos y misterios sobrenaturales