Cuando varias super especies ancestrales, que hasta ahora se pensaba que eran simplemente mitos, aparezcan de nuevo, la agencia de criptografía y zoología Monarch tendrá que hacer heroicos esfuerzos. Sus miembros se enfrentarán a una gran cantidad de monstruos gigantes, incluyendo el imponente Godzilla, que luchará contra Mothra, Rodan y su archienemigo, el dragón de tres cabezas King Ghidorah. Esta lucha por el liderazgo de estos seres ancestrales pondrá en peligro la propia existencia humana.