La temporada 9 comienza con Mac Taylor recordando su recuperación de una herida de bala seis meses antes y pensando mucho en su propia mortalidad. También se da cuenta de que no habría podido superar su terrible experiencia sin la ayuda de su novia, Christine. Pero mientras Mac puede volver al trabajo, descubre que tiene dificultades para comprender las palabras y se le diagnostica afasia. En Manhattan, Mac continúa persiguiendo criminales, desde un pirómano hasta un asesino cuyos asesinatos están inspirados en el juego de mesa Clue, pero los casos también lo llevan a California y Nevada.