La temporada 2 comienza cuando los CSI disfrutan de las nuevas oficinas de Manhattan y Hawkes (Hill Harper) pasa de ser un médico forense a trabajar en el campo como CSI. Su primer caso involucra la muerte de un escalador experto que cae desde el piso 34 mientras escala el Empire State Building. Mientras tanto, Aiden Burns (Vanessa Ferlito) se obsesiona con demostrar que un presunto violador atacó dos veces a la misma mujer, y considera falsificar pruebas para encerrarlo.