La temporada 6 comienza con Horatio investigando el asesinato de un oficial de libertad condicional y descubriendo que un adolescente llamado Kyle Harmon es el principal sospechoso. Después de algunas excavaciones de Yelina, H. se da cuenta de que el joven es su hijo, de quien nunca supo que existía. Las cosas se complican más cuando la madre del niño, Julia Winston, surge tras el asesinato de su marido multimillonario.