Peter Parker (Tom Holland) decide dejar sus heroicidades a un lado durante unas pocas semanas, y sale de viaje por Europa con sus amigos Ned (Jacob Batalon), MJ (Zendaya) y el resto de compañeros de instituto. Pero las vacaciones de verano darán un giro inesperado cuando aparezca Nick Furia (Samuel L. Jackson), que tiene trabajo para Peter. Los Elementales, criaturas de arena, piedra, agua y fuego, están creando el caos y la destrucción en todo el continente. El joven Hombre Araña deberá desentrañar el misterio de estos ataques. Solo y con sus amigos en apuros, además de con la nueva aparición de Mysterio (Jake Gyllenhaal), Peter tendrá que asumir toda la responsabilidad ahora que Iron Man/Tony Stark ya no está.