Este anime narra las aventuras de Sonic quien es accidentamente teletransportado junto con sus amigos a la Tierra debido a una violenta explosión de su planeta. El Doctor Eggman intenta acabar con Sonic y con sus amigos, consiguiendo capturar a dos de ellos.
Chris Thorndyke es un niño que se convierte en el aliado del protagonista y le ayuda a encontrar a sus amigos y derrotar a su eterno enemigo, Eggman. El villano tiene, además, en su control a robots que luchan por el control de las poderosas Esmeraldas Caos.