La tercera temporada comienza momentos después del final de la segunda temporada: cuando David y Kristen recién ordenados se besan. Los dos no sólo tienen que navegar por esta nueva y tensa realidad, sino que también deben lidiar con la participación de David en «la entidad», una unidad de espionaje dentro de la Iglesia católica. Mientras tanto, Ben descubre que su cerebro se rompe por los casos sin resolver y recurre a su hermana en busca de ayuda.