El inspector del FBI, Fox Mulder, se encuentra ingresado en una unidad de cuidados psiológicos, padeciendo unos extraños impulsos eléctricos. Dana Scully, mientras tanto, lucha por descifrar unos extraños símbolos que han aparecido en una nave espacial sumergida en plena Costa de Marfil.

Scully debe darse prisa, pues los símbolos contienen la clave para solucionar el problema que Mulder padece y son la única forma de salvar al mismo. En esta temporada, los investigadores deberán luchar a contrarreloj contra un fenómeno que, cada vez, es más real.