En el primer largometraje de animación basado en la serie Hanna-Barbera, los fanáticos de Jonny Quest conocen a las mujeres detrás de los hombres aventureros.
Junto al científico Benton Quest, su valiente hijo Jonny, el guardaespaldas Race Bannon y el joven amigo de Jonny, Hadji, se encuentran Rachel, la esposa bióloga de Benton, Jade, la ex esposa de Race, y Jessie, de 12 años, que esconde un gran secreto.
En todo momento, Team Quest lucha contra los malvados planes del alquimista moderno Dr. Zin, quien se clonó a sí mismo y creó un ejército de reptiles mutantes en la selva tropical peruana.
El enfrentamiento allí da como resultado una tragedia que cambia la vida de Jonny para siempre, y más tarde conduce a una búsqueda mundial de Zin que incluye el examen de documentos raros de Leonardo da Vinci en París, la exploración de las catacumbas romanas y una confrontación final en el interior de Australia.