En 2011, en una prisión de Port St. Lucie, Florida; Jolyne Cujoh, hija de Jotaro, es acusada injustamente de un delito que no cometió y enviada a una prisión de máxima seguridad. Mientras está encarcelada, ella lucha dentro de un largo complot acordado entre el villano no-muerto DIO y el ideólogo Enrico Pucci.

La Parte VI es la última parte situada en la primera línea de tiempo de JoJo’s Bizarre Adventure – a partir de la Parte VII, la historia tiene lugar en un universo separado.