El argumento gira en torno a Bob Esponja y sus inseparables amigos del mar, como son Patricio y la ardilla Arenita, y otros personajes de la serie en la que se basa, como Calamardo y Don Cangrejo. En esta ocasión Bob Esponja y cía se embarcan en una aventura en la que deberán encontrar una receta robada, lo que llevará a los personajes de Fondo Bikini hasta nuestra dimensión. Por lo que la película mezcla animación y escenas de acción real. Las escenas de animación están hechas tanto con CGI (imagen generada por ordenador) como en dibujo a mano.