Dana Scully se despierta en un hospital y se da cuenta de que los eventos terroríficos presenciados al final de la temporada anterior no han sucedido aún, por lo que pueden evitarse. Aunque el equipo de investigadores es reacio a creer lo que Scully cuenta; su percepción cambia cuando el hijo de Scully, William, desaparece.

Comienza así una búsqueda contrarreloj en la que el destino de William; el de los investigadores, y el del mundo entero están en juego.