Los expedientes X han sido cancelados. Esto provoca la separación de Mulder y Scully, que deberán acometer nuevos roles. Scully se encuentra dando clases en la academia del FBI, mientras que a su antiguo compañero se le asignan tareas de vigilancia. Aún así, Mulder está empeñado en destapar lo paranormal, con la ayuda del informante X y su nuevo compañero, el agente Alex Krycek.

Sin embargo, no será él quien tenga más posibilidades de conseguir el tan ansiado encuentro con lo paranormal…