La segunda temporada sigue al detective Harry Ambrose, quien regresa a su ciudad natal en la zona rural de Nueva York para evaluar un crimen inquietante y desgarrador: padres asesinados por su hijo de 11 años, sin motivo aparente. Cuando Ambrose se da cuenta de que no hay nada ordinario en el niño o de dónde vino, la investigación lo lleva a la oscuridad oculta de su ciudad natal. Se enfrenta a aquellos que no se detendrán ante nada para proteger sus secretos, y a la misteriosa Vera que demuestra ser una pieza complicada y enigmática de este inquietante rompecabezas.