La 1ª temporada se basa sobre todo en la presentación de villanos, como: el Lagarto en el capítulo 1 de la primera temporada,
La Noche del Lagarto
, en el capítulo 4
Las Travesuras de
Mysterio
, en el capítulo 5
El Doctor Pulpo armado y peligroso
, el Doctor Octopus. Un hecho destacable es la aparición del simbionte alienígena en los capítulos 7, 8 y 9
El Disfraz del Alien
que le daría a Peter Parker un traje negro, que en el en el capítulo 8 rechazaría ya que se volvía más agresivo (esto se debe a que el simbionte se alimenta de la adrenalina), y después, en el capítulo 9 se uniría a Eddie Brock formando a Venom, siendo uno de los enemigos más peligrosos que Spider-Man logró vencer.
En la 2ª temporada, el tema es la
Pesadilla Neogenética
en el que Spider-Man continuó con su mutación hasta convertirse en un Monstruo Araña (
Man-Spider
); en el 1 y 2 capítulo
Los Seis Villanos
aparecen los 6 Siniestros, como Seis Villanos, (una formación compuesta por Rino, Shocker, Doc. Octopus, Misterio, el Escorpión y el Camaleón), en el capítulo 4
El plan de los mutantes
se da la aparición de los X-Men con la formación sacada de X-Men: La Serie Animada. En el capítulo 7
Llega el Castigador
aparecen más personajes de Marvel, como The Punisher o Blade, en el capítulo 13
El graznido del Buitre
aparece el Buitre, el cual, en el capítulo 14
La pesadilla final
, con la ayuda del Dr. Connors, curaría involuntariamente a Spider-Man de su enfermedad.
En la 3ª temporada, hay más personajes complejos y enemigos más difíciles como el Duende Verde, en el capítulo 4
La aparición del Duende Verde
metiendo a Spider-Man en situaciones más complicadas. Además aparecen más héroes invitados: en el capítulo 1
El Doctor Extraño
Doctor Strange, en el capítulo 10
El regreso de Venom
Iron Man, y en el capítulo 6
Acusado
Daredevil, y cabe destacar las apariciones de Madame Web, quien prepara a Spider-Man para el «mayor enfrentamiento de su vida», en el segundo capítulo
Pide un deseo
, la segunda en el capítulo 8
El Asesino Total
, la tercera en el capítulo 9
Lápida
, la quinta en el capítulo 10,
El regreso de Venom
, la sexta en el capítulo 11
La guerra de los duendes
y la última aparición de esta temporada en el capítulo 12
Momento crucial
. La temporada concluye con el capítulo 13,
Cambio de Vista
con la desaparición de Mary Jane y Norman Osborn.
De la 4ª temporada se destaca: la presentación de la La Gata Negra en el capítulo 3
La Gata negra
y su corto romance con Spider-Man, la transformación de Harry Osborn en el Duende Verde en el capítulo 8
El regreso del Duende Verde,
a lo largo de la temporada se nos muestra un Spider-Man medianamente amargado por la perdida de Mary Jane y en proceso de ser un antiheroe, hasta que se da la inesperada reaparición de Mary Jane en el capítulo 8
La persecución de Mary Jane Watson
aunque posteriormente se descubriría que es un clon.
En la 5ª temporada, en la saga se adaptan grandes historias de los cómics Marvel. Primero, esta temporada inicia con la boda entre Peter y Mary Jane (clon) en el capítulo
La boda
. En el capítulo siguiente, se pasaría a la saga de los
Seis Guerreros Olvidados
, que se prolonga durante 5 episodios, desde el capítulo 2 hasta el 6, en la cual Peter Parker tiene que viajar a Moscú para descubrir el pasado de sus padres. En esta saga sobresale la historia de Estados Unidos en la Segunda Guerra Mundial y los planes de Red Skull para vencer a los Estados Unidos y conquistar el mundo. Además, aparecen de nuevo los Seis Villanos, pero con el Buitre entre sus filas en el capítulo 3
Legado sin reclamar
, para lograr capturar el arma secreta de Red Skull. También aparecen de invitados en el capítulo 4
El secreto de los seis
el Capitán América con los 6 guerreros olvidados (Whizzer,Ms América,El Destructor,La Maravilla Negra y Thunderer) y Red Skull, así como la creación de Electro en el capítulo siguiente, cabe destacar también las apariciones de Silver Sable como mercenaria.
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