Un caso cósmico de ovnis, intriga intergaláctica y romance fuera de este mundo lanza a Mystery Gang a su aventura más sobrenatural. Varados en Roswell, Nuevo México, la pandilla pronto descubre que el lugar está repleto de aficionados a los ovnis, científicos reservados… e invasores alienígenas poco amistosos. Luego, después de ser perseguidos por extraterrestres y transportados a bordo de un OVNI, Shaggy y Scooby-Doo se enamoran perdidamente de Crystal y Amber. La pandilla investiga los misteriosos avistamientos que los llevan a una base de investigación del gobierno y una enorme red de cuevas escondidas debajo de la ciudad.