Una sombra se cierne sobre Ash, May y sus amigos mientras continúan su viaje por la región de Hoenn, y no es solo la del Monte Chimney—tanto el Equipo Magma como el Equipo Aqua pusieron en marcha planes con nuestros héroes atrapados en medio. Cuando no están frustrando planes malvados, Ash y May persiguen sus objetivos personales, con Ash luchando por tres Medallas de Gimnasio más y May ganando sus tres primeras cintas de Concurso. El grupo también gana nuevos Pokémon como Torkoal y Bulbasaur, pero ¿podrían ser demasiado para manejar?