Satoshi, Pikachu y sus amigos intentan detener a un par de ladrones que se esconden en los canales y callejones de Altomare, la antigua capital del agua. Se unen a la aventura dos nuevos Pokémon legendarios, un par de hermanos llamados Latias y Latios, que sirven como guardianes de la paz y protectores del Soul Dew, un tesoro invaluable con un poder misterioso.