Cinco Genesect, unos Pokémon gigantescos y poderosos, han invadido la ciudad, y ahora suponen una grave amenaza para el suministro eléctrico, pues éstos se alimentan de energía. Los estragos que causan atraen la atención de Mewtwo, el Pokémon legendario, que se desplaza rápidamente a la ciudad para presentar batalla a los invasores. Sin embargo, se desconoce lo que de verdad pretende.

Ash Ketchum, su fiel Pikachu y sus amigos deberán acudir también a la ciudad y tratar de impedir más daños cuando el líder de los Genesect y Mewtwo entablan un monumental enfrentamiento. Los dos Pokémon son extraordinariamente poderosos, y para cuando uno pueda derrotar a otro, es posible que la ciudad ya haya sido completamente destruida.