Regresa el travieso y aventurero Peter Rabbit junto con el resto de sus compañeros animales. En esta segunda entrega, Bea (Rose Byrne) y Thomas McGregor (Domhnall Gleeson) se han casado. Aunque Peter Rabbit y Thomas antes eran auténticos enemigos, ahora se han hecho muy amigos. Eso sí, a pesar de haber logrado crear una familia improvisada, el rebelde conejo tendrá sus diferencias con McGregor y seguirá causando problemas. Por eso, decidirá marcharse solo, más allá del jardín en el que siempre ha vivido. Allí, conocerá a un nuevo conejo que fue amigo de su padre, y tendrá que decidir qué tipo de conejo quiere ser.