La larga búsqueda de libertad de los rebeldes culmina en una batalla final explosiva. Mientras que el ejército de máquinas siembra la desolación en Zion, sus ciudadanos preparan una defensa brutal. Pero, ¿podrán contener las mareas implacables de centinelas a la espera de que Neo domine todos sus poderes y ponga fin a la guerra?
El agente Smith ya ha conseguido tomar posesión del espíritu de Bane, uno de los miembros de la tripulación del aerodeslizador. Cada vez más poderoso, ha perdido el control y ya no obedece a las máquinas: amenaza con destruir el imperio, el mundo real y Matrix…