Neo aprende a controlar mejor sus dones naturales mientras que Zion se prepara para caer tras el asalto del ejército de las máquinas. En pocas horas, 250 000 centinelas programados para aniquilar nuestra especie invadirán el enclave humano de la Tierra.
Pero Morfeo anima a los ciudadanos de Zion recordándoles las palabras del Oráculo: el Elegido todavía está a tiempo de parar la guerra contra las Máquinas. Toda esperanza está volcada en Neo. Durante su peligrosa inmersión en el seno de Matrix y su propio destino, se enfrentará a una resistencia creciente, a una verdad aún más cegadora, una elección aún más dolorosa que lo que jamás habría imaginado.