Esta adaptación de la trilogía de novelas de Philip Pullman sigue la historia de Lyra Benacqua, una niña huérfana que tiene el objetivo de encontrar a un viejo amigo que fue secuestrado. A lo largo de su viaje, descubre diversos universos mágicos y criaturas fantásticas como brujas y osos polares blindados.
Todo este mundo de fantasía encierra un fenómeno mayor así como una conspiración relacionado con niños robados. De este modo, se entrelazan temáticas relacionadas con la magia, la teología y la ciencia.