El detective James Gordon, un nuevo recluta en el Departamento de Policía de Ciudad Gótica de la capitana Sarah Essen, se une a Harvey Bullock para resolver uno de los casos más destacados de Gotham: el asesinato de Thomas y Martha Wayne. Durante su investigación, Gordon conoce al hijo de los Wayne, Bruce, ahora al cuidado de su mayordomo Alfred Pennyworth, lo que obliga a Gordon a atrapar al misterioso asesino. En el camino, Gordon debe enfrentarse a la mafiosa Fish Mooney, a la mafia liderada por Carmine Falcone, así como a muchos de los futuros villanos de Gotham, como Selina Kyle, Edward Nygma y Oswald Cobblepot. Finalmente, Gordon se ve obligado a formar una improbable amistad con Wayne, una que ayudará a dar forma al futuro del niño en su destino de convertirse en un cruzado.