Jason Bourne ha sido durante mucho tiempo un hombre sin patria, sin pasado ni memoria. Su condición física y mental de brutalidad extrema le había convertido en una máquina de matar, siendo el ejecutor más implacable de la historia de la CIA. Pero aun así, la experiencia fracasó y la agencia decidió sacrificarlo.
Dado por muerto, Jason se refugia en Italia y empieza una lenta y peligrosa búsqueda hacia atrás en el tiempo para recordar su identidad. Tras el asesinato de su acompañante Marie, encuentra al instigador del programa Treadstone que le convirtió en un asesino y lo condenó a errar. Entonces, cree que su venganza ha concluido cuando acaba con él y sólo aspira a desaparecer y vivir en paz. Sin embargo, Treadstone solo será una página negra, una más, de la historia de la agencia, y el Departamento de Defensa decide lanzar en secreto un segundo programa aún más sofisticado: Blackbriar, que busca fabricar una nueva generación de asesinos de formación de élite.