Han pasado cinco años desde que Ben descubrió el poder del Omnitrix y, tras utilizarlo para salvar a la humanidad, lo deja a un lado para intentar ser un adolescente como todos los demás. Ahora, Ben Tennyson tiene 15 años y es un joven muy responsable. Lleva una vida más o menos normal hasta que se ve obligado a llevar a cabo una enorme misión: salvar al mundo. Otra vez. Con la ayuda de su nuevo Omnitrix recalibrado, su prima Gwen y su antiguo archienemigo Kevin Levin, Ben se dispone a luchar contra los alienígenas que quieren destruir la tierra. Por suerte, todo el grupo tiene poderes y habilidades nuevas que les ayudarán en su lucha contra esta amenaza intergaláctica.