Dos años más tarde, el exagente de la CIA Jason Bourne (Matt Damon ‘Elysium’) y su acompañante Marie (Franka Potente ‘Corre Lola, corre’) han conseguido despistar a quienes les perseguían gracias a una vigilancia constante. Sin embargo, el riesgo siempre ha estado presente en sus vidas y se han visto obligados a moverse de un lugar a otro del mapa.
El apacible pueblo de Goa parece ser su último refugio, pero pronto descubren que sólo son falsas esperanzas. Cuando un agente se muda al pueblo, las sospechas se disparan y Marie resulta muerta. Entonces, Jason comienza un arriesgado periplo para descubrir al asesino y proseguir la búsqueda de su propia identidad. Dos años antes ya juró vengarse de quien le persiguiera y tendrá que cumplir su promesa…