Cerca de Marsella, un pequeño barco pesquero encuentra el cuerpo de un hombre sacudido por las olas. Los marineros se apresuran a rescatarlo. Este hombre de identidad desconocida con agujeros de bala en su espalda sobrevive de milagro, pero no recuerda nada; ni siquiera su nombre, y todavía menos los motivos por los que han intentado matarle. Sin embargo, un indicio subsiste: de su cadera se ha extraído una pequeña cápsula holográfica con un número de cuenta en Zúrich.
Entonces, el desconocido decide acudir al banco suizo para intentar recordar su identidad. Una vez allí, descubre en una caja fuerte un maletín lleno de dinero, una pistola, un pasaporte a nombre de Jason Bourne y otros seis documentos de identidad de diferentes nacionalidades. Por si fuera poco, pronto se da cuenta de que está siendo seguido por una misteriosa organización.