Aaron Cross es un letal agente de la CIA diseñado y entrenado por la Agencia para llevar a cabo misiones de alto riesgo. Creado en el programa Outcome, una ramificación del programa Treadstone en el que Jason Bourne era la punta de lanza, Cross está preparado para completar una de sus misiones más arriesgadas. Sin embargo, su visión de la realidad se verá alterada cuando descubra la verdad del caso Bourne, una historia que la Agencia luchará por mantener oculta enfrentándose a medios de comunicación, chivos expiatorios y al propio Cross.  Ayudado por la doctora Marta Shearing, Cross tratará de desemascarar a la Agencia para, así, descubrir su pasado y poner en jaque las aspiraciones de la CIA por que no se descubra las operaciones secretas que están llevando a cabo desde hace varios años.