Después de rescatar a Last Order y posteriormente recibir una bala en la cabeza, el Esper mejor clasificado de Ciudad Academia descansa en el hospital. Pero la recuperación de Accelerator se ve interrumpida cuando una chica misteriosa que lleva una foto de su pequeño compañero clon le pide ayuda. Ahora están tomando Acción Disciplinaria, una coalición contra el mal cuyos planes siniestros amenazan a Last Order, Ciudad Academia, ¡e incluso al mundo entero!