Han pasado ya 15 años desde que se contactó en el 2000 con unos misteriosos seres conocidos como ángeles. Como consecuencia de esto, se produjo el llamado Segundo Impacto, un cataclismo a escala mundial causado por una explosión en la Antártida que redujo a la mitad la población humana en la Tierra. Para prevenir futuros ataques, la ONU estableció en Tokio-3 la organización NERV que ha ido desarrollando Evangelions, enormes criaturas biomecánicas pilotados por adolescentes que son lo único que puede parar a los ángeles.
Actualmente nos encontramos en 2015 centrándonos en un joven, Shinji Ikari. Con la esperanza de ganar el afecto de su padre, el dirigente de NERV, el adolescente acepta sus órdenes y decide pilotar la unidad 01 de los Evangelion (Eva-01) para acabar con el Tercer Ángel. Y a partir de ese momento, la vida de Shinji cambia para siempre al establecerse en la ciudad e intentar convertirse en un piloto de élite.