En el mundo de ‘Digimon Universe: Appli Monsters’ todo el mundo utiliza las aplicaciones de los smartphone. En su interior se encuentran desconocidas criaturas llamadas “Appli Monsters” o “Appmon“. Las Appmon son inteligencias artificiales con la capacidad de pensar y actuar, y existen en el límite entre el mundo real y el espacio digital. Sin embargo, en el gran mundo de Internet, el Leviathan (una IA jefe) toma el control de los Appmon por medio de un virus, pirateando cada sistema, comenzando a controlar de esta forma el mundo humano por medio del mundo virtual.