La Academia Skylanders es un lugar muy exclusivo que únicamente admite a los mejores jóvenes guerreros de todos los rincones de las Skylands. Allí se les forma para que puedan hacer frente a todos y cada uno de los peligros que llegan a su tierra. Así, un grupo de jóvenes deciden formar equipo para unir sus distintas habilidades contra el mal. Spyro, Eruptor, Stealth Elf, Jet-Vac y Pop Fizz aprenderán a proteger al universo de los malvados mientras entre ellos se va creando un fuerte vínculo de amistad.