Ash y sus amigos encallan en la isla de Shamouti a causa de una tormenta. Acogidos por los aborígenes, los jóvenes son invitados a las festividades anuales en honor a tres aves Pokémon gigantes: Moltres, Zapdos y Articuno, que gobiernan respectivamente sobre el fuego, el rayo y el hielo, lo que garantiza la armonía de la Naturaleza. Pero un coleccionista excéntrico, Gelardan, rompe este precario equilibrio al asediar la Isla del Fuego para apoderarse de Moltres y después al capturar a Zapdos. Nada más llevar a cabo estas fechorías, los elementos climáticos se desencadenan: olas monstruosas se forman en la superficie del mar, el hielo se derrite a ojos vistas y terroríficas erupciones volcánicas se suceden por todo el planeta. El futuro de la Tierra está en manos ahora del valor, la resistencia y la astucia de Ash, el único capaz de liberar y neutralizar a las aves cautivas y de impedir que destruyan para siempre nuestro amado planeta.