El Omnitrix ha sido destruido y Ben ahora debe aprender a dominar los secretos de nuevo Ultimatrix, un dispositivo parecido a un guantelete que no sólo le permite para transformar en una numerosa variedad de super héroes, también le da el poder increíble y la capacidad de activar una nueva version de sus transformaciones alienígenas. Él también puede transformarse en sus antiguos alienígenas de las series anteriores. Además, un admirador jóven llamado Jimmy Jones descubre la identidad secreta de Ben y lo revela poco después de la derrota de Vilgax. Contrapuesto al estrellato recién descubierto, Ben debe manejar a sus admiradores obsesivos y escépticos. Con Gwen, Kevin y Abuelo Max todavía en su lado, Ben sigue combatiendo amenazas alienígenas de la galaxia con un nuevo villano llamado Agreggor